在一定历史条件下，有利于多民族国家的统一和巩固，有利于社会保持较为安定的局势，有利于经济的发展和文化的繁荣，为康乾盛世的涌现，供应了政治保障。但专制皇权的极度膨胀，利弊相因，从长远看，将深刻影响全体清代的历史进程。
顺治、康熙期间国家军政中枢机构是内阁、议政王大臣会议。内阁源于明代，它是明初专制皇权进一步强化的产物。清沿明制而设立内阁，初称内三院，行使翰林院的某些职能。康熙九年终极将翰林院分离另设，内阁遂成为在体例、行政上独立的中枢机构。
内阁的主座为大学士。鉴于明代内阁屡出“权相”的教训，清代不设首辅大学士。清内阁大学士实施满汉复职制，康熙初，满大学士官一品，汉大学士为五品，康熙九年，升汉大学士为三品，雍正八，又定满汉大学士皆为正一品官，高于六部尚书，为文职最高品官。
内阁还下设处理详细政务的机构，如文籍厅，汉本房、满本房，汉票签处、满票签处、批本处、诰敕房等，这是明代所没有的。内阁紧张职掌是“票拟章疏”和“到场机务”。在裁决票拟见地及批红这一环节上，明代由于一些天子荒政，常常交给寺人办理。清代天子则自己包办，决不假手他人。
御门听政，是始于前明的常朝制度，康熙朝使之更加完善，更加规范。常常性的御门听政，与题本的处理，是康熙帝躬亲庶务、勤政集权的主要表现。康熙帝以高度的政治任务感亲政勤政，从而与晏处深宫、
从明朝继承下来的地位不定、职掌不明的内阁，经由康熙帝精心调理终于成为以票拟章疏、到场机务为职责的国家政事中枢。
议政王大臣会议是清代特有的以“议政”为主的机构，这一机构是清入关前旧制的遗存。入关前的满族国家大政由八旗王贝勒共颠末议定定，参与议政的旗下议政大臣也是每旗人数均匀，即所谓“八分”议政系统编制。随着中心集权的强化，八旗王贝勒分权在顺治朝已被削弱。
康熙初，又终止了八旗均匀出任议政大臣的制度，旧的议政王大臣合议制发生了质的转变。此后的议政王大臣会议，议政大臣由天子从各部院的旗人大员中自行选任，议政的王贝勒，在此前就已由天子任命，从而使这一机构成为由天子节制，帮忙天子处理军务等重大机务的中枢机关。
议政王大臣会议所议处事务的主要性与机密性，对其成员行政能力的干练与职员数量的精简提出了较高的哀求，而康熙中期往后满洲贵族不谙政务、常常泄密，以及议政成员的冗滥显然与此相抵牾。
为此，康熙帝特将专门卖力边陲民族事务的理藩院尚书、负有会审重大刑案之责的都察院满左都御史列入议政大臣，以加强这两方面事务的议处职能。又任命一些品级较低但有行政能力的旗员，故意识地永远贬抑下五旗那些养尊处优的王贝勒议政。
由于历史的缘故原由，议政王等地位极其爱崇，但总的来说，康熙朝议政王大臣会议的地位在日渐低落，已迥非关外及顺治初可比。
康熙帝为全面深入节制民情政情，及不同政治集团的动态，以便及时、准确地作出相应决策，还十分重视通过非常规手段开掘和拓展政情信息的来源，其紧张方法是创行密折制度。
密折是奏折中的一种，它专指受天子指令的官员单独向天子密报、由天子直接批谕再径发奏报人的折式文书。为清代所特有，它的产生韶光尚无定论。密查绅民动向，查访某些官员的言行，留神所在地区雨水、米价，用折子随时秘密奏闻。
这种密折，由奏报人自己书写，派家人驰送宫内，转呈天子本人。天子也将其指令、指挥亲笔书于折上，密封后转交送折人带回，交与原具折人。
雍正帝继位往后，进一步发展并完善了密折制度。雍正帝不仅将折奏人的范围扩大，密折奏事者向更低级官员内的扩展，不仅拓宽了天子理解政情，尤其是地方政情的渠道，而且使所理解的政情更靠近基层、更详细详细。与此同时，还对密折的行用制订了一系列保密制度。
为了能够随时理解、督匆匆和检讨奏折之朱批履行的情形，雍正帝先是实施朱批奏折的回缴制度，此后，随着宫中档案管理制度的建立，又命将朱批奏折在发回前登记录副，存档备查。密折制度至此达到了完备的程度。
密折制度适应强化专制皇权而产生，它的进一步实行，不仅大大开拓了天子赖以决策的信息来源，而且督抚等密折直达御前，从而分割和削弱了内阁传统权力，推动了国家中枢机构向有利于天子大权独揽的方向转变。至军机处设立，则终极完成了国家军政中枢嬗变的漫上进程。
军机处设立于雍正年间，有雍正四年、七年、八年、十年平分歧说法。军机处设在皇宫内廷的隆宗门内，乾清门右侧，地处戒备森严的深宫，又与天子日常起居办公的养心殿眦邻，以是，在该处办理机密要务，既易于保密，又便于天子随时宜召，及时处理紧急重大的机要事务。
军机处由军机大臣和军机章京组成。军机大臣无定额，少则四五人，多则十二三人，以68人为常。天子根据须要，从满汉大臣中特简，满员包括八旗蒙古，汉军则为绝无仅有的特例。
学士领班，即时人所说的“首揆”、“首席军机大臣”者。军机章京，又称军机司员、小军机，为军机大臣下属，除抄录谕旨底稿外，凡登记管理档案、查例议覆、收发公文等都交军机章京亲自收拾。
军机处最紧张的职掌是所谓“承旨书谕”。逐日清晨，军机大臣及章京以次人值，等待天子召见，或一人独见，或数人同见，每天都有四五起。军机章京先已将奉“另有旨”、“即有旨”、“有旨谕部”的奏折另贮一黄厘，待“叫起”时，交军机大臣捧人请旨。
军机大臣“见面”退却撤退出，即召军机章京面授旨意，并分令诸章京撰写谕旨底稿，然后送军机大臣详加推敲，没有讹误，始付内监递进。每每述旨尚未结束，内监先已络绎来催；而军机大臣或又奉召见面，复有谕改，每天至再至三，节奏十分紧张。
上谕有“明发”和“廷寄”之别。明发上谕，指交内阁发抄、宣示天下的谕旨；廷寄上谕，是由臣工有所奏请而降，且以事属机密，不由内阁发抄，令军机大臣直接密寄具奏人的谕旨。廷寄需封入信函，交兵部加封，发驿驰递，根据事情的缓急，或立时飞递或加紧，一律由军机章京在封函上注明，封口及年月日处，加盖“办理军机处”银印。
如遇特殊机密紧要之件奉旨密谕的情形，则由军机大臣自行抄录封固，上书“军机大臣密寄”。除“承旨书谕”外，军机处的职掌还有奉旨议大政，审大狱。所谓“大政”，多为涉及机密而天子一时又难于决议确定的重大事宜；所谓“大狱”，指的是大案要案。
较之传统政治系统编制下的宰相政事堂和内阁制，军机处具有职员精干、效率极高、保密性强等特点和优点，便于天子随意操纵，以是乾隆帝登基后，军机处虽曾一度裁撤，但不久就规复建置。此后，经办事务的范围也不断扩大，终于发展为险些终清之世的大政所出的国家中枢机构。
军机处设立后，内阁所处理的是大量繁剧的官样文章。雍正往后，终于形成了以军机处为国家中枢辅佐天子办理机要大政，以内阁帮忙天子处理繁剧的例行庶务，中心与地方官员向天子题奏军政事务，天子直接批谕的奏折与旧有题本并行，专制皇权得以高度集中的系统完备的政治系统编制。
雍正时的台省合一，将六科给事中划归都察院所属，使传统政治中业已不断削弱的谏官封驳权损失殆尽，皇权的行使更加畅行无阻。
军机处设立后，对皇权构成一定管束的满族旧制议政王大臣会议已失落去存在的合理性和必要性，乾隆朝天子交办的事务逐渐减少，大约在乾隆中期往后，议政大臣一职实际已无事可办，只不过是名誉虚衔。乾隆五十六年，在清代政治史上曾具有举足轻重浸染的议政王大臣会议被宣告撤销。
专制皇权的确立和履行，不完备取决于机构设置和运行机制的变革，更主要的是看天子是否乐意勤奋地、而且能够有力地行使着高度集中的皇权。正是在皇权的实际行使上，康熙、雍正、乾隆三位天子真正做到了乾纲独揽，他们政无钜细，躬自断制，不假手臣下，宰辅之臣不过权充天子的秘书。
康熙帝自亲政后，除分外情形外，险些每天举行御门听政，与朝臣商榷政务，当场裁决，令臣下实行。
清朝天子如此勤政，目的便是为了防止皇权旁落，使国家长治久安。天子乾纲独断，事必躬亲，势必对天子的全面本色提出极高的哀求，传统立嫡立长的皇位继续制度面临严厉寻衅。
雍正登基之初乃创行秘密立储制。储，即皇储，皇太子。历代王朝均系明诏预立皇储，视为立“国本”的大事，目的在于当今天子去世去或发生不测之事，可立时由太子继位为帝，保持国家的正常统治秩序，防止内乱。
康熙帝在三藩之乱时仿汉制将年仅2岁的皇二子、嫡宗子胤杨立为太子。后来皇太子胤初与康熙帝权力斗争日益加剧，父子关系恶化，其他皇子和在朝文武大臣也纷纭卷人了储位之争，政局动荡不安，康熙帝遂决心废掉皇太子，不再立储。
迨康熙帝去世，由皇四子雍亲王胤慎继位，是为雍正帝。由于康熙帝并未留下传位明诏，甚至皇位授受不明，雍正帝继位的合法性受到朝野高下普遍疑惑。结果不仅酿成皇家煮荳燃萁的一大悲剧，而且极大地影响了国家大局的稳定。明立太子既有诸多弊端，不立太子亦非安邦久远之计，雍正帝遂创行秘密立储制。
雍正元年八月，雍正帝宣召满汉文武大臣至乾清宫西暖阁，当众面谕立储之事，并将立储密旨缄藏于乾清宫最高处的“光亮磊落”匾之后，另书一道同样的立储密旨随身携带，同时发布群臣，太子确定，国本已立。
雍正帝既逝，随侍重臣张廷玉、鄂尔泰等人寻出雍正帝身边所带传位皇四子弘历密旨，且与乾清宫所藏密旨比对符合，弘历，亦即乾隆帝，遂成为第一个以秘密立储制登基的天子。
乾隆帝踵行秘密立储制，并几次再三阐发“不可不立储，而尤不可显立储”的道理，他还公开批评拘泥于传统嫡长制选择储君的历史教训，终于确立了有清一代的不拘嫡长、秘密立储的家法。
与历代王朝建储立嫡迥然有别的秘密立储制，基于满洲社会分外的历史传统、政治文化，同时又领悟了汉族立太子以定国本的有益履历，是对中国古代传统皇位继续制的重大变革，也是对满洲国家不立储传统的修正和发展。
其谨严运作有利于国家最高权力的平稳交卸，而从所有皇子中挑选皇储，并通过长期稽核、精心培养教诲，末了确定皇位继续人，无疑会提高优选皇储的几率。
康雍乾三帝积极接管并利用汉族王朝统治履历，借鉴辽、金、元等王朝的历史教训，孜孜图治、综理万机，使中国古代的专制皇权政治系统编制臻于完备。
但清朝天子对儒家政治文化所推崇的圣君贤相的开明专制并不以为然，他们批驳人君广任贤良、垂拱而治及国家政事应“公之于天下”的传统政管理念，强调人君乾纲独揽、以一人治天下的所谓“家法”，用满族“主奴名分”改造儒家君臣关系的完全观点，由此，大臣官员的身份地位进一步降落，沦于奴才境遇。
