如船坞砌面用料问题，善威拟采西法而坚持用砖，中方则认为石砌比砖砌更坚固。然而，善威固执己见，问题长期辩论不休。直至袁保龄拿出大量事实证明砖不及石，善威方才善罢甘休。
由于善威的失落误，工程耽误数月，经济上也造成了不小丢失。对付工程的详细安排，善威总是借故一拖再拖，迟迟不作答复，使工程久拖而无法进展。
由于善威无能力组织工程，严重耽误工程的进度，引起袁保龄的极大不满。此时船坞工程自建不成，外帮无力，就不得不考虑向外承包了。
光绪十二年（1886年），袁保龄积劳成疾，无法正常事情，即由津海关道周馥招来外商举行投标，末了，法商中标。
甲午战役后，日军盘踞旅顺船坞
光绪十二年玄月二十二日（1886年10月19日），中法关于旅顺建港工程条约在天津正式具名。中方代表周馥，法方代表德威尼。
条约规定法商承包的项目紧张有大石坞一座、干系配套举动步伐如石靠岸、铁道及起重码头等工程。
自条约订立之日起，按公历打算30个月落成。一年之后，周馥被海军衙门调走参加编写北洋海军章程。督工由刘含芳接任。法方督工起初为德威尼，后来回国，由总工程师吉礼丰接任。
签订条约之时，已近寒冬，法国工程技能职员尚未来华，施工所需的机器物料也未备齐，以是当时并没有立即动工。
光绪十三年三月（1887年4月），经由一番准备之后，工程正式开始施工。工程虽由法商承包，但详细履行却转包给了外国有关厂商及中国的匠夫、民工，法商实际上只充当了“包工头子”，只给予技能辅导和监督检讨。
沙俄强租旅大期间对旅顺船坞进行扩建
光绪十六年玄月（1890年11月）旅顺船坞工程终于落成。李鸿章立即派北洋海军提督丁汝昌、直隶按察使周馥，津海关道刘汝翼等人会同前往验收。
丁汝昌等一行于玄月二十三日（11月5日）到达旅顺。法方代表吉礼丰开具洋文工程清单，送由督办旅顺工程候补道刘含芳译成中文，丁汝昌等依据清单逐项检讨、验收。
二十七日终验收完毕。船坞验收结果可以从“李鸿章奏验收旅顺各要工折”中理解一二。“查大石船坞长四十一丈三尺，宽十二丈四尺，深三丈七尺九寸八分，石阶、铁梯、滑道俱全，坞口以铁船横栏为门。……全坞石工俱用山东大块方石，垩以泰西塞门德土，凝集无缝，平整坚实，堪为油修铁甲战舰之用。”
另有大石澳一座，坞外东南北三面与陆地相连铺设宽敞的条石路面，西面拦潮大坝护卫坞池，西北留一口门，以便兵船出入。四周全砌宽大石岸，周岸泊船，毫无风浪摇动。
此外坞边还有修船厂9座、机器厂、锅炉厂、电灯厂、库房等。这些厂库均用铁梁铁瓦，高宽坚固。其他附属举动步伐如铁道、铁架电杆、净水池、铁码头、小船坞等等一应俱全、设置完备。
经丈量、检讨，验收以上项目均与吉礼丰开送的洋文清单符合。旅顺船坞工程，历经十年的艰巨创建，终于全部竣工。于光绪十六年玄月二十八日（1890年11月10日）正式交付利用。
李鸿章自筹办海防以来，以十年经营造诣海内一流船坞，深感宽慰。“嗣后北洋海军战舰遇有破坏，均可就近入坞修理，无庸借助日本、喷鼻香港诸石坞，洵为缓急可恃，并无须靡费巨资。从此量力筹画，逐渐扩充，将见北洋海军规模，足以雄视统统。渤海门户深固不摇，其裨益於海防大局，诚非浅鲜。”
日俄战役前的船坞
船坞建成之时，停泊在旅顺口的兵舰已有二十多艘。进坞修理的第一条战舰是海内福州船政局马尾船厂制造的第一条铁甲舰“平远”号。
随后北洋海军外购的“定远”、“镇远”及大小各船都入坞修理过。
小船坞紧张修理雷艇及驳船等小型舰只。自1890年船坞建成至1894年中日甲午战役爆发，这一期间清政府仔细经营船坞，陆续对船坞进行了扩建与改造。扩建工厂，新建铆锅厂，合拢锅炉厂、大铁房各一座，舢板厂大铁房一座、船械局库一所，以备各舰改换锅炉、制造舢板、领换东西之用。
改造船坞，于坞口门内镶砌石帮、斜砌石撑、满砌石底以防渗漏。之前本来与法商签订条约时，是建石坞一座的。但是，在建筑过程中，法国工程师偷工减料，上述部位多用砖砌，致使坞内漏水，难以修理战舰。李鸿章所谓的“船坞凝集无缝，平整坚实”，实属欺骗朝廷，躲避任务。
口门外又添置大铁船门，以备轮流启闭，不误油修。坞旁添建吸水厂大铁房一座，用大石、赛门德土砌五丈深、六尺方（即深16米，长宽19.219.2米的池塘）池塘一区，涵洞五十余丈（160米）。此外又在西岸老虎尾、东岸白玉山前各建铁码头一座。
清政府将旅顺船坞经营成为了当时最完善的海军修船厂。
现在的旅顺船坞，2013年列为国家重点文物保护单位
旅顺船坞，阵势得天独厚、规模大气磅礴、坞身坚如磐石。它的建成，使旅顺成为了中国主要的海军基地之一，为北洋海军的发展壮大奠定了坚实根本。
在此期间，北洋海军不断购置船舰，自1875年至甲午战役前，共向英、德等国订购舰艇46艘，计有7000吨级铁甲舰2艘、钢甲舰1艘、巡洋舰8艘、炮舰13艘、鱼雷艇22只。
同时，海内制造的小型船舰23艘。这些大部分都编入了北洋海军。
北洋海军的船舰以旅顺港为基地，随时入港停泊、入坞维修，中国“远”字号北洋兵舰，险些都入坞检修过。
从此，中国兵舰不再须要远借于异国他乡，海军实力大大增强，巩固了海防，护卫了京、津重地。
旅顺口也以“东方第一大坞”之称而成为中国近代史上北方著名的军港。
